openBIS es una plataforma de gestión de datos integrada y de código abierto que combina un Cuaderno de Laboratorio Electrónico, un Sistema de Gestión de Inventario y una solución de almacenamiento de datos. Desarrollado por los Servicios de TI Científicos de ETH Zurich, permite a los investigadores documentar el trabajo experimental o computacional diario, almacenar datos brutos y procesados relacionados, y vincular todo a materiales, muestras y protocolos dentro del inventario del laboratorio. Este sistema integral asegura un almacenamiento seguro de datos, seguimiento de procedencia y cumplimiento con los principios de datos FAIR, facilitando datos que son Localizables, Accesibles, Interoperables y Reutilizables.
Características y Funcionalidades Clave:
- Gestión de Inventario: Organiza y rastrea muestras de laboratorio, materiales, protocolos y equipos, creando un recurso compartido accesible para todos los miembros del laboratorio.
- Cuaderno de Laboratorio Electrónico: Documenta experimentos, vincúlalos a elementos del inventario y mantén un registro completo de las actividades de investigación.
- Gestión de Datos: Almacena y gestiona todos los datos relacionados con experimentos de laboratorio, incluyendo datos brutos, procesados y analizados, así como scripts y cuadernos de Jupyter.
- Módulo BigDataLink: Utiliza openBIS como un repositorio de metadatos para grandes conjuntos de datos que no pueden ser movidos convenientemente, gestionando versiones de grandes conjuntos de datos en almacenamiento en la nube y HPC.
- Integraciones para Análisis de Datos: Analiza datos almacenados en openBIS usando Jupyter o MATLAB, con APIs disponibles para integración en gestores de flujo de trabajo para análisis a gran escala.
- Capacidades de Importación/Exportación: Importa y exporta datos usando Excel, y exporta cuadernos de laboratorio completos y carpetas de inventario a formatos Excel y PDF.
- Gestión de Acceso y Derechos: Controla perfiles de usuario y privilegios de acceso, asegurando una gestión de datos segura y organizada.
- Registro de Auditoría: Mantén un registro de todas las modificaciones realizadas a cualquier entidad en el sistema, asegurando la integridad y trazabilidad de los datos.
- Modularidad: Extiende funcionalidades existentes o añade nuevas escribiendo plugins personalizados, permitiendo soluciones adaptadas a necesidades específicas de investigación.
Valor Principal y Problema Resuelto:
openBIS aborda la necesidad crítica de una gestión de datos de investigación eficiente y conforme. Al integrar la gestión de inventario, ELN y almacenamiento de datos en una sola plataforma, optimiza los flujos de trabajo de laboratorio, mejora la colaboración y asegura la integridad de los datos. Los investigadores pueden cumplir con los requisitos crecientes de agencias de financiamiento, revistas e instituciones académicas para publicar datos de acuerdo con los principios FAIR, promoviendo así la transparencia y reproducibilidad en la investigación científica.