openBIS è una piattaforma di gestione dei dati open-source e integrata che combina un Quaderno di Laboratorio Elettronico, un Sistema di Gestione dell'Inventario e una soluzione di archiviazione dei dati. Sviluppato dai Servizi IT Scientifici dell'ETH di Zurigo, consente ai ricercatori di documentare il lavoro sperimentale o computazionale quotidiano, archiviare i dati grezzi e elaborati correlati e collegare tutto a materiali, campioni e protocolli all'interno dell'inventario del laboratorio. Questo sistema completo garantisce l'archiviazione sicura dei dati, il tracciamento della provenienza e la conformità ai principi dei dati FAIR, facilitando dati che sono Trovabili, Accessibili, Interoperabili e Riutilizzabili.
Caratteristiche e Funzionalità Chiave:
- Gestione dell'Inventario: Organizza e traccia campioni di laboratorio, materiali, protocolli e attrezzature, creando una risorsa condivisa accessibile a tutti i membri del laboratorio.
- Quaderno di Laboratorio Elettronico: Documenta esperimenti, collegali agli elementi dell'inventario e mantieni un registro completo delle attività di ricerca.
- Gestione dei Dati: Archivia e gestisci tutti i dati relativi agli esperimenti di laboratorio, inclusi dati grezzi, elaborati e analizzati, nonché script e notebook Jupyter.
- Modulo BigDataLink: Utilizza openBIS come un repository di metadati per grandi set di dati che non possono essere comodamente spostati, gestendo versioni di grandi set di dati su cloud e archiviazione HPC.
- Integrazioni per l'Analisi dei Dati: Analizza i dati archiviati in openBIS utilizzando Jupyter o MATLAB, con API disponibili per l'integrazione nei gestori di workflow per analisi su larga scala.
- Capacità di Importazione/Esportazione: Importa ed esporta dati utilizzando Excel ed esporta quaderni di laboratorio completi e cartelle di inventario nei formati Excel e PDF.
- Gestione degli Accessi e dei Diritti: Controlla i profili utente e i privilegi di accesso, garantendo una gestione dei dati sicura e organizzata.
- Traccia di Audit: Mantieni un registro di tutte le modifiche apportate a qualsiasi entità nel sistema, garantendo l'integrità e la tracciabilità dei dati.
- Modularità: Estendi le funzionalità esistenti o aggiungi nuove scrivendo plugin personalizzati, consentendo soluzioni su misura per esigenze di ricerca specifiche.
Valore Primario e Problema Risolto:
openBIS affronta la necessità critica di una gestione efficiente e conforme dei dati di ricerca. Integrando la gestione dell'inventario, ELN e l'archiviazione dei dati in un'unica piattaforma, semplifica i flussi di lavoro del laboratorio, migliora la collaborazione e garantisce l'integrità dei dati. I ricercatori possono soddisfare i requisiti crescenti delle agenzie di finanziamento, delle riviste e delle istituzioni accademiche per pubblicare dati secondo i principi FAIR, promuovendo così la trasparenza e la riproducibilità nella ricerca scientifica.