Pluto me permet d'organiser mes données et d'exécuter des analyses bioinformatiques, sans avoir à coder. Pluto me permet également de créer de bonnes figures représentatives par moi-même. J'aime que toutes mes données puissent être sauvegardées au même endroit et me donne la flexibilité de créer plus de graphiques et d'interprétations au fur et à mesure que j'analyse. J'aime aussi qu'ils aient une fonction de chat réactive qui répond rapidement à mes questions. Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

Cela aiderait à effectuer plus de types d'analyses statistiques sur Pluton. Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

Notre équipe ayant peu de connaissances sur la façon d'analyser les données transcriptomiques en utilisant des langages de programmation complexes (R, Python). Pluto facilite pour chacun d'entre nous l'examen de nos propres données et la création de diagrammes en barres, de graphiques en volcan, etc. Je reviens fréquemment pour créer de nouvelles figures/analyses comparatives sur mes ensembles de données plus tard lorsque j'ai besoin d'un nouveau graphique. Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

Je voudrais voir encore plus de types d'analyse à choisir dans Pluto. Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

Pluton est utile pour le partage de données et la visualisation, en particulier pour les essais biologiques 'simples' que je fais. Je peux intégrer plusieurs essais en un seul endroit facile, et ajouter à la fois des images et du texte. C'est basé sur le cloud, donc je peux travailler sur mes données de n'importe où, même depuis mon téléphone (ce que j'ai déjà fait auparavant !). Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

La barrière à l'utilisabilité est assez élevée, je n'ai pas pu intégrer autant de collègues que je l'aurais souhaité.

Les graphiques ne sont pas prêts pour la publication : lorsque les valeurs sont inférieures à 1, aucun décimal n'est affiché. Les légendes ne sont pas modifiables pour plus de clarté et ne peuvent pas inclure d'unités.

Dans le formatage des données d'échantillon, Pluto ne peut pas extraire de valeurs numériques si du texte est inclus. Cela rend impossible l'ajout de 'cibles' comme des concentrations (5uM par exemple).

Pas de modélisation de Bliss ou de courbes d'ajustement pour les IC50. Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

Je suis un chercheur expérimenté en bioinformatique qui a personnellement essayé de nombreuses plateformes d'analyse et de visualisation à travers plusieurs types d'omiques. Un énorme avantage de cette plateforme est qu'elle est entièrement de bout en bout. Je n'ai pas rencontré d'autre plateforme capable de traiter de grands fichiers de séquençage, d'effectuer un contrôle de qualité et de générer une analyse interprétable et de qualité pour publication.

J'ai partagé des données via cette plateforme (ce qui est assez facile) avec des chercheurs ayant une expérience limitée en bioinformatique. Malgré ce manque, la plateforme est si intuitive qu'ils sont facilement capables de comprendre l'analyse jusqu'à ce point et sont rapidement capables de générer de nouvelles analyses. Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

Les chercheurs veulent toujours plus de fonctionnalités et d'analyses, donc j'aimerais simplement voir une croissance continue. J'utilise cette plateforme depuis plus d'un an et j'ai été impressionné par la croissance et le développement continus. De nouvelles expériences et analyses sont fréquemment ajoutées, maintenant cette plateforme à jour avec ce qui est nécessaire pour l'analyse bioinformatique, mais un développement continu sera nécessaire. Un contrôle de qualité approfondi est effectué. Cependant, comme tant d'informations sont générées, il peut être difficile de savoir rapidement s'il y a des problèmes avec les données. Les notifications de contrôle de qualité pourraient être un domaine à améliorer. Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

La partie la plus utile de Pluto est la section des méthodes qui accompagne chaque figure. C'était tellement facile d'écrire le manuscrit lorsque chaque figure a exactement ce qui a été fait pour la créer. Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

Il n'y avait vraiment rien que je n'aimais pas, la seule chose que j'aimerais voir est plus d'options pour afficher les données. Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

Pluto rend facile le traitement des parties plus banales de l'analyse NGS avec très peu de temps d'intervention de l'utilisateur. En tant que bioinformaticien, je n'aime pas exécuter les parties de base des analyses informatiques (comme le contrôle qualité et la génération de matrices de comptage), et Pluto me permet de passer quelques minutes à télécharger les données pour que je puisse me concentrer sur les parties plus complexes des analyses en aval et sur le développement de logiciels. Ils fournissent des métriques de contrôle qualité très complètes et détaillées, de sorte que si je dois modifier ou relancer le pipeline, je peux facilement le faire en faisant une copie de l'expérience, en changeant quelques paramètres et en relançant en fonction des problèmes de contrôle qualité que je constate. Je peux sérieusement faire cela en moins de 5 minutes de mon temps. Je pense aussi que la capacité d'importer des études GEO depuis fastq jusqu'à l'analyse est très puissante et me fait gagner beaucoup de temps en essayant de télécharger des fastqs et de gérer les problèmes de bande passante Internet depuis SRA et de les réanalyser pour qu'ils soient concordants avec les pipelines et les paramètres que je veux utiliser ; la plateforme rend l'exécution d'analyses reproductibles beaucoup plus fluide. Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

J'aimerais voir plus de tutoriels/docs/vidéos sur la façon d'interpréter différentes parties du rapport multiqc et des exemples de moments où je devrais m'inquiéter de la QC. De plus, plus de types d'expériences seraient formidables -- un type de pipeline de détection de variantes simplifié (en particulier pour les études sur le cancer) ou une analyse scRNA-seq serait appréciée. Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

C'est une plateforme conviviale pour les scientifiques de laboratoire humide qui réduit les étapes vers l'analyse réelle ! Et le personnel de Pluto est disponible et très réactif pour résoudre les problèmes chaque fois que nécessaire. Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

Plus de webinaires seraient appréciés compte tenu des divers aspects que vous pouvez explorer sur la plateforme. Et s'ils peuvent refléter la technologie des cellules uniques qui devient l'une des normes, ce serait génial. Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

Pluto permet la collaboration entre les équipes. Il est très utile d'avoir toutes les données relatives à un certain échantillon visualisées en un seul endroit. C'est un excellent ajout aux logiciels ELN où l'accent est mis sur les protocoles et la tenue de registres plutôt que sur la visualisation et la collaboration. Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

Lors de l'ajout de nouvelles données à Pluto pour des répétitions techniques d'expériences, un tout nouveau fichier doit être téléchargé et les graphiques doivent être refaits, ce qui prend un peu plus de temps.

De plus, les décimales ne sont pas affichées dans les graphiques sur l'axe des ordonnées. Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

Un guichet unique pour tous mes besoins en séquençage d'ARN sans avoir besoin d'être bioinformaticien. Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

Rien vraiment. Peut-être qu'au début certaines choses avaient des bugs, mais leur équipe a été formidable pour les corriger, donc ce n'est plus un problème... Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

J'aime la facilité avec laquelle on peut créer un graphique à partir de données RNAseq en vrac. Avis collecté par et hébergé sur G2.com.

Je souhaite qu'il y ait un bouton de suppression pour les projets créés par erreur dans l'interface utilisateur. Avis collecté par et hébergé sur G2.com.