Je suis un chercheur expérimenté en bioinformatique qui a personnellement essayé de nombreuses plateformes d'analyse et de visualisation à travers plusieurs types d'omiques. Un énorme avantage de cette plateforme est qu'elle est entièrement de bout en bout. Je n'ai pas rencontré d'autre plateforme capable de traiter de grands fichiers de séquençage, d'effectuer un contrôle de qualité et de générer une analyse interprétable et de qualité pour publication. J'ai partagé des données via cette plateforme (ce qui est assez facile) avec des chercheurs ayant une expérience limitée en bioinformatique. Malgré ce manque, la plateforme est si intuitive qu'ils sont facilement capables de comprendre l'analyse jusqu'à ce point et sont rapidement capables de générer de nouvelles analyses.

Pluto rend facile le traitement des parties plus banales de l'analyse NGS avec très peu de temps d'intervention de l'utilisateur. En tant que bioinformaticien, je n'aime pas exécuter les parties de base des analyses informatiques (comme le contrôle qualité et la génération de matrices de comptage), et Pluto me permet de passer quelques minutes à télécharger les données pour que je puisse me concentrer sur les parties plus complexes des analyses en aval et sur le développement de logiciels. Ils fournissent des métriques de contrôle qualité très complètes et détaillées, de sorte que si je dois modifier ou relancer le pipeline, je peux facilement le faire en faisant une copie de l'expérience, en changeant quelques paramètres et en relançant en fonction des problèmes de contrôle qualité que je constate. Je peux sérieusement faire cela en moins de 5 minutes de mon temps. Je pense aussi que la capacité d'importer des études GEO depuis fastq jusqu'à l'analyse est très puissante et me fait gagner beaucoup de temps en essayant de télécharger des fastqs et de gérer les problèmes de bande passante Internet depuis SRA et de les réanalyser pour qu'ils soient concordants avec les pipelines et les paramètres que je veux utiliser ; la plateforme rend l'exécution d'analyses reproductibles beaucoup plus fluide.

Pluto me permet d'organiser mes données et d'exécuter des analyses bioinformatiques, sans avoir à coder. Pluto me permet également de créer de bonnes figures représentatives par moi-même. J'aime que toutes mes données puissent être sauvegardées au même endroit et me donne la flexibilité de créer plus de graphiques et d'interprétations au fur et à mesure que j'analyse. J'aime aussi qu'ils aient une fonction de chat réactive qui répond rapidement à mes questions.